קבוצת "מסד" (יוצאי תנועת הנוער העובד בגרמניה ובאוסטריה ששהו מ-1934 בפלוגת עבודה בהרצליה) עלתה להתישבות על אדמת מסיל אל ג'ייסל בתאריך ב' בכסלו תרצ"ט, 25 בנובמבר 1938, לאחר המתנה של כשנה בחומה המשותפת במעוז חיים.
בגלל קשיי החיים בעמק בית שאן ומיעוט החברים בקבוצה החליטה התנועה ("חבר הקבוצות") להשלים את הישוב על-ידי גרעין "בנתיב", שמנה כ-80 חברים והתגבש במפרץ חיפה לקראת העלייה להתיישבות. הגרעין היה מורכב מחברי "מכבי הצעיר" מצ'כוסלובקיה, שעלו ברובם באוניות מעפילים, ומחניכי חברות הנוער בגבע ובקבוצת שילר, יוצאי גרמניה, אוסטריה, וצ'כוסלבקיה.


האיחוד יצא לפועל בקיץ 1942. משנה זו קרוי הקיבוץ על שמו של ד"ר ארתור רופין, שהיה אז ראש של מחלקת ההתישבות של הסוכנות היהודית. ד"ר רופין תמך ביוזמתם של אותם החלוצים הצעירים להקים את הקיבוץ באיזור זה, שנחשב אז למרוחק ומסוכן והיה מעבר לעדיפות של המוסדות. בשנות ההתיישבות הראשונות ערכו חברי הקיבוץ ניסויים ראשונים בענפי החקלאות, לאור תנאי האקלים, המים והקרקע בעמק בית שאן. כמו כן, נעשו ראשית הצעדים בחינוך הילדים וקליטת חברות נוער עולה.
היו אלה ימי מלחמת העולם וכמעט כל החברים היו מנותקים לחלוטין ממשפחותיהם, שנשארו בארצות הכיבוש הגרמני. חברי התנועה, וכן חברי הגרעין שהתעתדו להצטרף לקבוצה, נשארו בארצות הגזירה ורובם הושמדו. רק מעטים שרדו והצליחו להצטרף לכפר רופין אחרי המלחמה.

עם תום מלחמת השחרור קיבלה הקבוצה תנופה חדשה, והחלה לבסס את ענפי החקלאות שאחדים מהם מהווים עד היום בסיס משקי לקיבוץ. ישנם גידולים "נוסטלגיים" שכבר אינם, דוגמת כרם ענבים, מטעי רימונים, סלק סוכר, ענף שטיחי דשא, ולעומתם יש גידולים הנמשכים עד היום ועיקרם: מדגה, דגי נוי, רפת, לול, מטעי תמרים, שדות חיטה ותירס, ועוד. בשנת 1978 הוקם מפעל פלכ"ר.
לעומת הצמיחה המשקית, נשארה כפר רופין שנים רבות מנותקת ממקורות לתוספת חברים, עד שהקיבוץ הוכר כיישוב הנוער העובד והלומד, החל בפעולה חינוכית בסניפים בעיר וקלט גרעיני השלמה. באותה עת אימץ קיבוץ כפר רופין קיבוץ צעיר (האון); אלה גם השנים בהן התחילו הבנים להיכנס לעבודה מלאה במשק והראשונים אף לקחו על כתפיהם תפקידים מרכזיים במשק ובחברה.
פרק מיוחד בתולדות כפר רופין מהווה מלחמת ההתשה. זו החלה כאן בתקרית יריות באוגוסט 1967 והסתיימה בהפגזה ב-20 באוגוסט 1970. במשך שלוש שנים אלו היו באזור 102 תקריות וב-54 מהן נפגע הקיבוץ, ובכלל זה שתי אבידות בנפש והרבה נזקים לרכוש. במשך 3 שנים בילו ילדי כפר רופין את לילותיהם במקלטים. למרות כל אלה לא נפסקה תנופת הפיתוח במשק, אלא התחזקה והתחשלה תחושת השותפות.



סרט שצולם בימי מלחמת ההתשה בכפר רופין

הסקירה ההיסטורית מבוססת על מסמך שכתב מנחם גלעד ז"ל, חבר כפר רופין, בשנת 1980.