דגי נוי
גידול דגי נוי דורש מומחיות רבה, מקצועיות והתמדה. בחוות הגידול בכפר רופין נצבר ידע וניסיון רב שנים, אשר מעמיד את הענף במקום מצוין ביחס לחוות אחרות בארץ.
עיקר השיווק של דגי הנוי הוא לאירופה. הלקוחות מגיעים לכפר רופין ובוחרים את הדגים בהם הם מעוניינים; לאחר מכן הדגים נארזים בקופסאות עם מים וחמצן ומוטסים ליעדיהם השונים במחלקת המטען של מטוסי אל-על.
הצוות מבוסס על ארבעה חברים העובדים שנים רבות בענף, ולצדם עובדים זמניים המצטרפים בהתאם לעומס העבודה.

תמרים
מטע התמרים בכפר רופין הינו מהותיקים במגדלי "פרי העמק". חלק מהעצים הם בני 50 שנה ומתנשאים לגובה 15 מטר! הדבר כמובן מחייב עבודה בגבהים, ומהווה אתגר רציני בפני העובדים על כלי-הגובה. מטע התמרים של כפר רופין כולל 3,500 עצים מסוגים שונים – חיאני, לחים וחצי-יבשים, ומניב כ-500 טון בשנה. התמרים משווקים באמצעות ארגון הדקלאים לכל העולם ועומדים יפה בתחרות מול התמרים מארצות הים התיכון.

כר"מ זית שמן
כר"מ – כפר רופין ומירב – הקימו יחד את כרם הזיתים לשמן ששטחו כ-1,000 דונם. הזן העיקרי הוא הברנע מפיתוח ישראלי, שמתאים לאזור. המטע מניב שמן מעולה, אשר מופק בבית הבד האזורי של משקי בית שאן. הביקוש לשמן בארץ גדל משנה לשנה באופן עקבי והנטיעות של עצי הזית באזור מקיפות כבר 5,000 דונם.

לול
בכפר רופין ארבעה לולים לגידול פטם, המבוססים על שיטות גידול חדשניות (גידול אינטנסיבי). הגידול נערך מזה 10 עשר שנים בלולים מבוקרים על-ידי מחשב, השולט בטמפרטורה, בלחות, במים ובמזון.
ענף הלול מצטיין ומשיג תוצאות מקצועיות מעולות ביחס למשקים אחרים באזור, וזאת בזכותו של יאיר הלולן, שמצליח בעזרת הבקרה והאוטומציה להחזיק לבדו את כל הפעילות. הלול מייצר כ-1,000 טון בשנה, ומשווק את העופות ל"עוף טוב".

רפת מרום גלבוע
בענף החלב של כפר רופין בוצעה לפני מספר שנים רפורמה, במסגרתה קמה שותפות עם קיבוץ מירב וקיבוץ מסדה. החולבות נמצאות במירב, על הגלבוע, וזוכות למזג אויר נוח יותר – כך גם עולה תנובת החלב. העגלות עוברות את תקופת ההתבגרות שלהן בכפר רופין, ובמהלכה הן זוכות לטיפול וחינוך של שני חברים ותיקים.
הרפת המשותפת מייצרת כ-9 מיליון ליטר חלב בשנה, ובתכנון הרחבה נוספת של שטח הרפת, לרווחת הפרות.

גידולי שדה
גידולי השדה כוללים חיטה, ירקות, אספסת, חמניות, תירס ותחמיצים לרפתות, על שטח של 8,500 דונם. משנת 1996 קיימת שותפות בגידולי השדה עם קיבוצים שכנים (נוה איתן, נוה אור ורשפים) המאפשרת לייעל את העבודה. בשנים בהן מחירי הגרעינים עולים, נהנה הענף מרווחיות, וזאת על אף הקשיים האקלימיים, האדמה הגירית והשימוש במים מליחים להשקיה.

צפרות
מרכז הצפרות הוקם על-ידי קיבוץ כפר רופין, בשיתוף עם מרכז הצפרות הישראלי של החברה להגנת הטבע.
אזור עמק המעיינות וסביבתו עשירים במגוון מינים ובכמות מרשימה של ציפורים. הסיבות העיקריות לכך הן ציר הנדידה העולמי הראשי שעובר בעמק, והמגוון הגדול של בתי הגידול: בריכות הדגים, השדות והחורשות.
השמירה על בתי הגידול ועל מגוון מיני הציפורים היא צורך בינלאומי, אשר מחייב שיתופי-פעולה חוצי גבולות. המרכז פועל במסגרת פרויקט בינלאומי, שמטרתו לשלב את שמירת הטבע עם חינוך, תיירות ומחקר ליצירת אזור אקולוגי בר-קיימא.